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Text File  |  1995-03-04  |  1.2 KB  |  26 lines
  1. **************************************
  2. * Channel forming colicins signature *
  3. **************************************
  4.  
  5. Colicins   are plasmid-encoded  polypeptide    toxins  produced by and  active
  6. against Escherichia coli and  closely related bacteria.    The channel-forming
  7. colicins are transmembrane proteins that depolarize the  cytoplasmic membrane,
  8. leading to dissipation  of  cellular energy [1,2].  Colicins A, B, E1, Ia, Ib,
  9. and N belong to that group. The N-terminal part of these colicins  is involved
  10. in their uptake; the central part is important for  binding to outer  membrane
  11. receptors and the C-terminal part is the channel-forming region.
  12.  
  13. As a signature for  this type  of  colicins, we  have selected one of the most
  14. conserved region of the channel-forming domain.
  15.  
  16. -Consensus pattern: T-x(2)-W-x-P-[LIVMFY](3)-x(2)-E
  17. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  18. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  19. -Last update: November 1990 / Text revised.
  20.  
  21. [ 1] Pattus F., Massotte D., Wilmsen H.U., Lakey J., Tsernoglou D.,
  22.      Tucker A., Parker M.W.
  23.      Experientia 46:180-192(1990).
  24. [ 2] Cramer W.A., Cohen F.S., Merrill A.R., Song H.Y.
  25.      Mol. Microbiol. 4:519-526(1990).
  26.